Najskorší kontakt medzi oboma krajinami sa uskutočnil prostredníctvom obchodníkov a prieskumníkov. Neskôr v polovici 18. storočia niekoľko zástupcov z USA odcestovalo do Japonska, aby rokovalo o obchodných dohodách, vrátane Commodore Matthew Perryho v roku 1852, ktorý rokoval o prvá obchodná zmluva a Dohovor z Kanagawy. Podobne japonská delegácia prišla do USA v roku 1860 v nádeji na posilnenie diplomatických a obchodných vzťahov medzi oboma krajinami.
Druhá svetová vojna videl krajiny sa postavili proti sebe po tom, čo Japonci v roku 1941 bombardovali americkú námornú základňu v Pearl Harbor na Havaji. Vojna sa skončila v roku 1945 po tom, ako Japonsko utrpelo obrovské príčiny atómové bombardovanie Hirošimy a Nagasaki a bombardovanie Tokio.
14. augusta 1945 sa Japonsko vzdalo, čo viedlo k okupácii víťaznými spojeneckými silami. Po získaní kontroly nad Japonskom prezident USA Harry Truman menovaný generál Douglas MacArthur ako najvyšší veliteľ spojeneckých síl v Japonsku. Spojenecké sily pracovali na obnove Japonska, ako aj na upevnení politickej legitimity verejným postavením na strane cisára Hirohita. To bolo povolené
MacArthur pracovať v politickom systéme. Do konca roku 1945 pracovalo v Japonsku približne 350 000 amerických vojakov na mnohých projektoch.Pod spojeneckou kontrolou sa Japonsko stalo pozoruhodnou transformáciou charakterizovanou nová ústava Japonska ktorý zdôrazňoval demokratické zásady, vzdelávanie a hospodársku reformu a demilitarizáciu, ktorá bola zakotvená v novej japonskej ústave. Keď sa reformy uskutočňovali, MacArthur postupne presunul politickú kontrolu nad Japoncom, ktorý kulminoval Zmluvou zo San Francisca z roku 1952, ktorá oficiálne ukončila okupáciu. Tento rámec bol začiatkom úzkeho vzťahu medzi oboma krajinami, ktorý trvá dodnes.
Obdobie po zmluve zo San Francisca bolo charakterizované úzkou spoluprácou medzi oboma s Japonskom zostalo v Japonsku 47 000 amerických vojakov vláda. Hospodárska spolupráca tiež zohrávala významnú úlohu vo vzťahoch s USA, ktoré poskytovali Japonsku značné množstvo pomoci v povojnových obdobiach, keďže Japonsko sa stalo spojencom na Studená vojna. Výsledkom tohto partnerstva je opätovné oživenie japonského hospodárstva, ktoré zostáva jednou z najsilnejších ekonomík v regióne.