Z mnohých možností je týchto päť škvŕn najbežnejšie, začínajúc etídiumbromidom, ktorý sa najčastejšie používa. Pri práci s týmto procesom je dôležité poznať nielen rozdiely medzi škvrnami, ale aj prirodzené zdravotné riziká.
Etidiumbromid je pravdepodobne najznámejšie farbivo používané na vizualizáciu DNA. Môže sa použiť v gélovej zmesi, elektroforéznom tlmivom roztoku alebo na farbenie gélu po jeho spustení.
Molekuly farbiva priľnú k vláknam DNA a fluoreskujú pod UV svetlom, čo vám presne ukazuje, kde sú pruhy v géli. Nevýhodou je, že etidiumbromid je potenciálny karcinogén, a preto sa s ním musí zaobchádzať veľmi opatrne.
SYBR Gold farbivo sa môže použiť na farbenie dvojvláknovej alebo jednovláknovej DNA alebo na farbenie RNA. SYBR Gold zasiahlo trh ako jedna z prvých alternatív k etídiumbromidu a považuje sa za citlivejšiu.
Pretože fluorescencia nenaviazanej molekuly je tak nízka, odfarbenie sa nevyžaduje. Držitelia licencií Molecular Probes tiež (od uvedenia SYBR Gold) na trh vyvinuli a uviedli na trh SYBR Safe a SYBR Green, ktoré sú bezpečnejšími alternatívami k etídiumbromidu.
Farby SYBR Green I a II (opäť predávané Molecular Probes) sú optimalizované na rôzne účely. Pretože sa viažu na DNA, stále sa považujú za potenciálne mutagény, a preto by sa s nimi malo zaobchádzať opatrne.
SYBR Green I je viac citlivý na použitie s dvojreťazcovou DNA, zatiaľ čo SYBR Green II na druhej strane je najlepší na použitie s jednovláknovou DNA alebo RNA. Rovnako ako populárne farbenie etídiumbromidom, tieto vysoko citlivé škvrny fluoreskujú pod UV svetlom.
Výrobca SYBR Green I aj II odporúča, aby sa používal s ela-osvetlením Polaroid 667 čiernej a 254 nm biely film a fotografický filter farbený zeleným gélom SYBR "na dosiahnutie detekcie 100 pg RNA alebo jednovláknovej DNA na band.
SYBR Safe bol navrhnutý tak, aby bol bezpečnejšou alternatívou k etídiumbromidu a iným škvrnám od SYBR. Nepovažuje sa za nebezpečný odpad a vo všeobecnosti sa môže zneškodňovať prostredníctvom bežných kanalizačných systémov (t. J. Odtokom), pretože testovanie toxicity naznačuje, že neexistuje žiadna akútna toxicita.
Testovanie tiež indikuje na embryonálnych bunkách sýrskeho škrečka (SHE), ľudských lymfocytoch, bunkách myšacieho lymfómu je nízka alebo žiadna genotoxicita alebo sa zistilo v teste AMES. Farbenie sa môže použiť s transiluminátorom s modrým svetlom, ktorý spôsobuje menšie poškodenie vizualizovanej DNA a ponúka lepšiu účinnosť pre neskoršie klonovanie.
Je to tiež dobrá voľba, ak na regeneráciu DNA používate gély s nízkou teplotou topenia. Je veľmi stabilný pri vysokých teplotách a má veľmi nízku fluorescenciu sám osebe, ale pri naviazaní na DNA je vysoko fluorescenčný. Ukázalo sa tiež, že Eva Green má veľmi nízku alebo žiadnu cytotoxicitu alebo mutagenita.