Mnoho zlúčenín sa čistí kryštalizáciou z vodného roztoku. Kryštál vylučuje veľa kontaminantov, avšak voda sa môže vojsť do kryštalickej mriežky bez toho, aby bola chemicky viazaná na katión zlúčeniny. Túto vodu môže odvádzať teplo, ale tento proces zvyčajne poškodzuje kryštalickú štruktúru. To je v poriadku, ak je cieľom získať čistú zlúčeninu. Pri pestovaní kryštálov na kryštalografiu alebo na iné účely môže byť nežiaduce.
Niekedy sú tieto dve formy kombinované. Napríklad [Cu (H2O)4] SO4· H2O sa môže použiť na opis vody z kryštalizácie síranu meďnatého.
Voda je malá polárna molekula, ktorá sa ľahko včleňuje do kryštalických mriežok, ale nie je to jediné rozpúšťadlo nachádzajúce sa v kryštáloch. V skutočnosti väčšina rozpúšťadiel zostáva vo väčšej alebo menšej miere v kryštáli. Bežným príkladom je benzén. Aby sa minimalizoval účinok rozpúšťadla, chemici sa zvyčajne snažia čo najviac odstrániť pomocou vákuovej extrakcie a môžu zahriať vzorku, aby odstránili zvyškové rozpúšťadlo. Rôntgenová kryštalografia môže často detegovať rozpúšťadlo v kryštáli.