Existuje veľa druhov dôkazov, ktoré podporujú teóriu evolúcie. Tieto dôkazy sa pohybujú od minimálnej molekulárnej úrovne podobností DNA až po podobnosti v rámci anatomickej štruktúry organizmov. Kedy Charles Darwin prvýkrát navrhol jeho myšlienku prirodzený výber, väčšinou vychádzal z dôkazov anatomické vlastnosti organizmov, ktoré študoval.
Existujú dva rôzne spôsoby, ako je možné tieto podobnosti v anatomických štruktúrach klasifikovať analogické štruktúry alebo homológne štruktúry. Aj keď obe tieto kategórie súvisia s tým, ako sa používajú a štruktúrujú podobné časti tela rôznych organizmov, iba jedna z nich je vlastne známkou spoločného predka niekde v minulosti.
analógia
Analógia alebo analogické štruktúry sú vlastne tie, ktoré nenaznačujú, že medzi týmito dvoma organizmami existuje nedávny spoločný predok. Hoci študované anatomické štruktúry vyzerajú podobne a možno dokonca vykonávajú rovnaké funkcie, v skutočnosti sú produktom konvergentný vývoj. To, že vyzerajú a konajú rovnako, ešte neznamená, že sú úzko späté so stromom života.
Konvergentný vývoj nastane, keď dva neprepojené druhy podstúpia niekoľko zmien a úprav, aby sa stali podobnejšími. Zvyčajne sa jedná o týchto dvoch druh žijú v podobnom podnebí a prostrediach v rôznych častiach sveta, ktoré uprednostňujú rovnaké úpravy. Analogické vlastnosti potom pomáhajú tomuto druhu prežiť v životnom prostredí.
Jedným z príkladov podobných štruktúr sú krídla netopierov, lietajúci hmyz a vtáky. Všetky tri organizmy používajú svoje krídla na lietanie, ale netopiere sú v skutočnosti cicavce a nesúvisia s vtákmi alebo lietajúcim hmyzom. V skutočnosti sú vtáky bližšie k dinosaurom ako k netopierom alebo lietajúcemu hmyzu. Vtáky, lietajúci hmyz a netopiere sa prispôsobili svojim výklenkom vo svojom prostredí vývojom krídel. Ich krídla však nesvedčia o úzkom evolučnom vzťahu.
Ďalším príkladom sú plutvy žraloka a delfína. Žraloky sa zaraďujú do rodiny rýb, zatiaľ čo delfíny sú cicavce. Obaja však žijú v podobnom prostredí v oceáne, kde plutvy sú priaznivými úpravami pre zvieratá, ktoré musia plávať a pohybovať sa vo vode. Ak ich budú vystopovať dosť ďaleko na strome života, nakoniec pre nich bude spoločný predok, ale to by nebolo sa považujú za posledného spoločného predka, a preto sa plutvy žraloka a delfína považujú za analogické štruktúry.
homológy
Nazýva sa iná klasifikácia podobných anatomických štruktúr homológne. V homológii sa homologické štruktúry v skutočnosti vyvinuli z nedávneho spoločného predka. Organizmy s homológne štruktúry sú medzi sebou na strome života bližšie ako štruktúry s analogickými štruktúrami.
Stále však úzko súvisia s nedávnym spoločným predkom a pravdepodobne prešli rozdielny vývoj.
Rozdielna evolúcia je situácia, keď sa úzko príbuzné druhy stávajú menej podobnými štruktúrami a funkciami v dôsledku úprav, ktoré získajú počas procesu prirodzeného výberu. Migrácia na nové podnebie, hospodárska súťaž o niky s inými druhmi a dokonca aj mikroevolučné zmeny DNA mutácie môže prispieť k odlišnej evolúcii.
Príkladom homológie je chvostová kosť u ľudí s chvostom mačiek a psov. Zatiaľ čo sa naša kostrč alebo kostra stala základná štruktúra, mačky a psy majú stále chvosty neporušené. Možno už nemáme viditeľný chvost, ale štruktúra kostrče a podporných kostí je veľmi podobná chvostom našich domácich miláčikov.
Rastliny môžu mať aj homológiu. Pichľavé tŕne na kaktuse a listy na dubovom liste vyzerajú veľmi rozdielne, ale v skutočnosti ide o homológne štruktúry. Majú dokonca veľmi odlišné funkcie. Zatiaľ čo chrbtice kaktusu slúžia predovšetkým na ochranu a na zabránenie strate vody v horúcom a suchom prostredí, dub nemá takéto úpravy. Obe štruktúry síce prispievajú k fotosyntéze príslušných rastlín, takže sa nestratili všetky najnovšie spoločné funkcie predkov. Organizmy s homológnymi štruktúrami často vyzerajú navzájom veľmi rozdielne v porovnaní s tým, ako blízko seba vyzerajú niektoré druhy s analogickými štruktúrami.