Konfederačné štáty americké (CSA) boli založené vo februári 1861. Skutočná občianska vojna sa začala 12. apríla 1861. O päť dní neskôr sa Virgínia stala ôsmym štátom, ktorý sa vzdal Únie. Rozhodnutie odstúpiť bolo čokoľvek iné než jednomyseľné a malo za následok vytvorenie Západnej Virgínie 26. novembra 1861. Tento nový pohraničný štát sa neodstúpil od Únie. Západná Virgínia je jediný štát, ktorý vznikol odchodom od konfederačného štátu. Článok IV oddiel 3 Ústava USA stanovuje, že nový štát sa nemôže vytvoriť v štáte bez jeho súhlasu. Avšak s odtrhnutím Virginie to nebolo vynútené.
Virgínia mala najväčšiu populáciu na juhu a jej búrlivá história zohrala pri založení USA obrovskú úlohu. Bolo to miesto narodenia a domov prezidentov. George Washington a Thomas Jefferson. V máji 1861 sa Richmond, Virgínia, stala hlavným mestom ČSA, pretože mala prírodné zdroje, ktoré konfederačná vláda tak veľmi potrebovala na efektívne vedenie vojny proti Únii. Hoci sa mesto Richmond nachádza iba 100 kilometrov od hlavného mesta USA vo Washingtone, D.C., bolo to veľké priemyselné mesto. Richmond bol tiež domovom železiarní Tredegar, jednej z najväčších zlievární v USA pred začiatkom občianskej vojny. Počas vojny vyrobil Tredegar vyše 1000 kánónov pre Konfederáciu a obrnenie pre vojnové lode. Okrem toho priemysel Richmondu vyrábal množstvo rôznych vojenských materiálov, ako sú strelivo, zbrane a meče, a dodával uniformy, stany a kožené výrobky do konfederačnej armády.
Bitky vo Virgínii
Väčšina bojov vo východnom divadle občianskej vojny sa konala vo Virgínii, najmä z dôvodu potreby chrániť Richmonda pred zajatím jednotkami Únie. Tieto bitky zahŕňajú Battle of Bull Run, ktorá je známa aj ako First Manassas. Bola to prvá veľká bitka občianskej vojny, ktorá sa odohrala 21. júla 1861 a tiež veľké víťazstvo Konfederácie. 28. augusta 1862 sa začala druhá bitka o Bull Run. Trvalo to tri dni s viac ako 100 000 kombinovanými vojakmi na bojisku. Táto bitka sa tiež skončila víťazstvom Konfederácie.
Hampton Roads, Virginia bola tiež miestom prvého námorného boja medzi železnými loďami. USS Monitor a CSS Virginia bojovali o remízu v marci 1862. Medzi ďalšie veľké pozemné bitky, ktoré sa vyskytli vo Virgínii, patrí údolie Shenandoah, Fredericksburg a Chancellorsville.
3. apríla 1865 konfederačné sily a vláda evakuovali svoje hlavné mesto v Richmonde a vojskách bolo nariadené spáliť všetky priemyselné sklady a podniky, ktoré by pre Úniu mali nejakú hodnotu síl. Tredegar Irons Works bol jedným z mála podnikov, ktoré prežili horenie Richmondu, pretože jeho majiteľ ho chránil pomocou ozbrojených stráží. Postupujúca armáda Únie začala rýchlo hasiť požiare, čím chránila väčšinu obytných oblastí pred zničením. Obchodná štvrť sa tiež netešila, niektoré odhadovali, že najmenej dvadsaťpäť percent podnikov utrpelo úplnú stratu. Na rozdiel od ničenia generála Shermana na juhu počas jeho „marca do mora“, mesto Richmond zničili sami Konfederanti.
9. apríla 1865 sa Bitka pri Appomattoxovom súdnom dvore ukázala ako posledná významná bitka o občianske vojny, ako aj posledná bitka o generála Roberta E. Lee. Oficiálne by sa tam odovzdal Únii General Ulysses S. grant 12. apríla 1865. Vojna vo Virgínii skončila.