Molekulové zlúčeniny obsahujú dve alebo viac nekovy (nie amónny ión). Zvyčajne môžete molekulárnu zlúčeninu rozpoznať, pretože prvý prvok v názve zlúčeniny je nekovový. Niektoré molekulárne zlúčeniny obsahujú vodík, ak však vidíte zlúčeninu, ktorá začína na „H“, môžete predpokladať, že ide o kyselinu a nie o molekulárnu zlúčeninu. Zlúčeniny pozostávajúce iba z uhlíka a vodíka sa nazývajú uhľovodíky. Uhľovodíky majú svoju vlastnú špeciálnu nomenklatúru, takže sa s nimi zaobchádza inak ako s inými molekulárnymi zlúčeninami.
Nekovy sa môžu kombinovať v rôznych pomeroch, takže je dôležité, aby názov molekulárnej zlúčeniny udával, koľko atómov každého typu prvku je v zlúčenine prítomných. To sa dosiahne pomocou predpon. Ak je iba jeden atóm prvého prvku, nepoužije sa žiadna predpona. Zvyčajne je predpona názvu jedného atómu druhého prvku mono-. Napríklad CO sa namiesto oxidu uhličitého nazýva oxid uhoľnatý.
Vzorec pre kovalentnú zlúčeninu môžete napísať z názvu tak, že napíšete symboly pre prvý a druhý prvok a preložíte predpony do predplatného. Napríklad xenon-hexafluorid by sa mal písať XF
6. Je bežné, že študenti majú problémy s písaním vzorcov z názvov zlúčenín, pretože iónové zlúčeniny a kovalentné zlúčeniny sú často zamieňané. Nevyvažujete náboje kovalentných zlúčenín; ak zlúčenina neobsahuje kov, neskúšajte to vyvážiť!