V mezencefalone sa nachádza množstvo štruktúr vrátane tektea, tegmentu, mozgového stopka, substantia nigra, crus cerebri a hlavové nervy (okulomotor a trochlear). tectum Pozostáva zo zaoblených hrčiek nazývaných colliculi, ktoré sú zapojené do procesov videnia a sluchu. detský mozog je zväzok nervových vlákien, ktoré spájajú predný mozog a zadný mozog. Mozgový stopka obsahuje tegementum (tvorí základ stredného mozgu) a crus cerebri (nervové úseky, ktoré spájajú mozog s mozoček). substantia nigra má nervové spojenie s čelné laloky a ďalšie oblasti mozgu zapojené do motorických funkcií. Bunky v substantia nigra tiež produkujú dopamín, chemický posol, ktorý pomáha koordinovať sval Pohyb.
Neurodegenerácia nervové bunky v substantia nigra vedie k poklesu produkcie dopamínu. Významná strata hladín dopamínu (60 - 80%) môže viesť k rozvoju Parkinsonovej choroby. Parkinsonova choroba je a nervový systém porucha, ktorá vedie k strate motorickej kontroly a koordinácie. Medzi príznaky patrí tras, spomalenie pohybu, stuhnutosť svalov a problémy s rovnováhou.