Vo voľbách do roku 1800 neboli „oficiálni“ kandidáti na viceprezidenta. Podľa ústavy USA voliči urobili pre prezidenta dve voľby a ten, kto dostal najviac hlasov, sa stal prezidentom. Osoba s druhým najvyšším počtom hlasov sa stala viceprezidentom. To by sa zmenilo prijatím 12. dodatku.
Napriek tomu, že neexistuje žiadny oficiálny viceprezidentský kandidát, Thomas Jefferson bežal s Aaronom Burrom ako jeho bežiacim. Ich „lístok“ získal najviac hlasov a voličom bolo dané rozhodnutie o tom, kto bude prezidentom. John Adams bol spárovaný s Pinckneym alebo Jayom. Podľa národného archívu sa však nevedel žiadny oficiálny záznam o počte populárnych hlasov.
Medzi Thomasom Jeffersonom a Aaronom Burrom sa hlasovalo po 73 hlasov. Z tohto dôvodu sa Snemovňa reprezentantov rozhodla, kto bude prezidentom a kto bude viceprezidentom. Vďaka intenzívnej kampani spoločnosti Alexander Hamilton, Thomas Jefferson bol vybraný po Aaronovi Burrovi po 35 hlasovacích lístkoch. Hamiltonove činy by boli jedným z faktorov, ktoré viedli k jeho smrti v súboji s Burrom v roku 1804.