Citróny sú mimoriadne kyslé. Akákoľvek chemikália s a pH menej ako 7 sa považuje za kyslé. Citrónová šťava má pH okolo 2,0, v rozmedzí od 2 do 3. Aby som to dal do súvisu, pH kyselina batéria (kyselina sírová) je 1,0, zatiaľ čo pH jablka je asi 3,0. Ocot (slabá kyselina octová) má pH porovnateľné s citrónovou šťavou, približne 2,2. PH sódy je asi 2,5.
Citrónová šťava obsahuje dve kyseliny. Šťava je asi 5 až 8% kyseliny citrónovej, ktorá je zodpovedná za chuť koláča. Citróny tiež obsahujú kyselinu askorbovú, tiež známu ako vitamín C.
Hoci citróny sú kyslé, pitie citrónovej šťavy nemá vplyv na pH vášho tela. Pitie citrónovej šťavy zvyšuje kyslosť moču, pretože obličky zbavujú telo nadbytkom kyselina. PH krvi sa udržiava medzi 7,35 a 7,45, bez ohľadu na to, koľko citrónovej šťavy pijete. Zatiaľ čo niektorí ľudia sa domnievajú, že citrónová šťava má alkalizujúci účinok na zažívací systém z dôvodu obsahu minerálov, neexistujú žiadne vedecké údaje, ktoré by toto tvrdenie podporili.
Kyselina v citrónovej šťave napadne zubnú sklovinu. Jesť citróny a pitie citrónovej šťavy vás môže vystaviť riziku zubného kazu. Citróny sú nielen kyslé, ale tiež obsahujú prekvapivo vysoké množstvo prírodných cukrov, takže zubní lekári zvyčajne pacientov opatrne informujú o ich jedení.