Medzi tieto cudzie votrelce alebo antigény patrí akákoľvek látka alebo organizmus, ktorý vyvoláva imunitnú odpoveď.
Protilátky rozpoznávajú špecifické antigény identifikáciou určitých oblastí na povrchu antigénu známeho ako antigénne determinanty. Akonáhle je špecifický antigénny determinant rozpoznaný, bude sa protilátka viazať na determinant. Antigén je označený ako narušiteľ a označený na zničenie inými imunitnými bunkami. Protilátky chránia pred látkami pred bunka infekciu.
Plazmové bunky vytvárajú protilátky špecifické pre určitý antigén. Plazmové bunky vytvárajú protilátky nevyhnutné pre vetvu imunitného systému známu ako humorálny imunitný systém. Humorálna imunita sa spolieha na cirkuláciu protilátok v telesných tekutinách a krvnom sére na identifikáciu a pôsobenie proti antigénom.
Ak sa v tele zistí neznámy antigén, môže trvať až dva týždne, kým plazmové bunky dokážu vygenerovať dostatok protilátok na pôsobenie proti špecifickému antigénu. Keď je infekcia pod kontrolou, produkcia protilátok klesá a malá vzorka protilátok zostáva v obehu. Ak by sa tento konkrétny antigén mal objaviť znova, protilátková odpoveď bude oveľa rýchlejšia a silnejšia.
Dva ľahké reťazce sú navzájom identické a dva ťažké reťazce sú identické. Na koncoch ťažkých aj ľahkých reťazcov v oblastiach, ktoré tvoria ramená štruktúry tvaru Y, sú oblasti známe ako antigén viažuce miesta.
Miesto viažuce antigén je oblasť protilátky, ktorá rozpoznáva špecifický antigénny determinant a viaže sa na antigén. Pretože rôzne protilátky rozpoznávajú rôzne antigény, väzbové miesta pre antigény sa líšia pre rôzne protilátky. Táto oblasť molekuly je známa ako variabilná oblasť. Kmeň molekuly tvaru Y je tvorený dlhšou oblasťou ťažkých reťazcov. Táto oblasť sa nazýva konštantná oblasť.
Existuje päť primárnych tried protilátok, pričom každá trieda zohráva zreteľnú úlohu v ľudskej imunitnej odpovedi. Tieto triedy sú identifikované ako IgG, IgM, IgA, IgD a IgE. Imunoglobulínové triedy sa líšia v štruktúre ťažkých reťazcov v každej molekule.
U ľudí existuje aj niekoľko podtried imunoglobulínov. Rozdiely v podtriedach sú založené na malých variáciách jednotiek ťažkého reťazca protilátok v rovnakej triede. Ľahké reťazce nachádzajúce sa v imunoglobulínoch existujú v dvoch hlavných formách. Tieto typy ľahkých reťazcov sú identifikované ako kappa a lambda reťazce.