Doplnok Java je povolený vo veľkom počte prehliadačov na celom svete, čo z neho robí cieľ pre škodlivých hackerov. Akýkoľvek populárny doplnok tretej strany je vystavený tomu istému druhu nežiaducej pozornosti. Tím, ktorý stojí za Java, vždy vzal bezpečnosť vážne a bude sa snažiť rýchlo vydať aktualizáciu, aby opravila všetky nájdené vážne bezpečnostné chyby. To znamená, že najlepším spôsobom, ako minimalizovať problémy s doplnkom Java, je zabezpečiť aktuálnosť najnovšieho vydania.
Ak sa skutočne obávate o bezpečnosť Java pluginu, stále musíte navštíviť populárnu webovú stránku (napr. online bankovníctvo v niektorých krajinách), ktoré potrebujú povolený doplnok Java, potom zvážte oba prehliadače trik. Jeden prehliadač (napr. Internet Explorer) môžete použiť, iba ak chcete používať webové stránky pomocou doplnku Java. Po zvyšok času použite iný prehliadač (napr. Firefox) s vypnutým doplnkom Java.
Môžete tiež zistiť, že na webové stránky, ktoré používajú Javu, často nechodíte. V takom prípade môžete uprednostniť možnosť zakázania a povolenia doplnku Java podľa potreby. Pokyny uvedené nižšie vám pomôžu nastaviť prehliadač tak, aby zakázal (alebo povolil) doplnok Java.