Čistenie balastovej vody najmodernejšou technológiou môže spĺňať normy rýchlosťou 2500 kubických metrov (660,430 US galónov) za hodinu. Veľké plavidlo môže trvať niekoľko hodín, kým prepláchne svoje balastové nádrže touto rýchlosťou.
Prvý, výmena balastovej vody, je založený na špecifikovaných vzdialenostiach a hĺbkach, z ktorých môže plavidlo vypustiť.
Niektoré oblasti zavádzajú normy, ktoré presahujú smernice IMO. Kalifornia aj oblasť Veľkých jazier Spojených štátov prijali prísne miestne pokyny. USA sú jedným z mnohých významných námorných štátov, ktoré dohovor nepodpísali.
V prípade výmeny balastovej vody prevádzkovatelia plavidiel vyplachujú nespracovaný balast z nádrží. Toto je praktický, ak nie dokonalý spôsob, ako umožniť starším plavidlám prevádzku bez nákladov a logistických problémov s dodatočnou úpravou balastovej vody.
Nové a dodatočne vybavené plavidlá budú oveľa menej pravdepodobne prepravovať nežiaduce druhy, pretože balastová voda systémy úpravy vylučujú veľkú časť životaschopných organizmov z balastových nádrží predtým výboj.
Voda upravená podľa tejto normy sa vo väčšine prístavov považuje za dostatočne čistú na vypúšťanie. Tieto kroky na opätovné sprostredkovanie balastovej vody sú účinné iba pri odstraňovaní nežiaducich organizmov. Stále je možné prenášať toxíny, ako je meď a ťažké kovy, ktoré sa často nachádzajú v prístavoch, do iných miest určenia v balastovej vode a tieto znečisťujúce látky sa môžu koncentrovať v sedimente balastovej nádrže. Rádioaktívne látky sa môžu prepravovať aj v balaste, ale akékoľvek vážne prípady by monitorovací personál pravdepodobne zistil rýchlo.