Španielski dobyvatelia sa dostali na ostrovy Filipíny v roku 1521. Potom pomenovali krajinu Kráľ Filip II Španielska v roku 1543, tlačiacu na kolonizáciu súostrovia napriek takým prekážkam ako smrť roku 1521 Ferdinand Magellan, zabitý v bitke Lapu-Lapuovými jednotkami na ostrove Mactan.
Od roku 1565 do roku 1821 vládla na území Mexika mesto Viceroyalty New Spain. V roku 1821 sa Mexiko osamostatnilo a španielska vláda v Madride prevzala priamu kontrolu nad Filipínami.
V období medzi rokmi 1821 a 1900 sa filipínsky nacionalizmus zakorenil a vyrastal v aktívnu antiimperiálnu revolúciu. Keď Spojené štáty porazili Španielsko v USA Španielsko-americká vojna z roku 1898 Filipíny nezískali nezávislosť, ale namiesto toho sa stali americkým majetkom. V dôsledku toho partizánska vojna proti zahraničnému imperializmu jednoducho zmenila cieľ svojej zúrivosti zo španielskej na americkú.
Traja kľúčoví vodcovia inšpirovali alebo viedli hnutie filipínskej nezávislosti. Prví dvaja - Jose Rizal a Andres Bonifacio - by za svoje veci dali svoj mladý život. Tretí, Emilio Aguinaldo, prežil nielen to, že sa stal prvým prezidentom na Filipínach, ale žil aj v polovici 90. rokov.
Jose Rizal bol geniálny a viac talentovaný muž. Bol lekárom, spisovateľom a zakladateľom La Liga, mierová protikoloniálna nátlaková skupina, ktorá sa stretla len raz v roku 1892 predtým, ako španielske úrady Rizala zatkli.
Jose Rizal inšpiroval svojich nasledovníkov, vrátane ohnivého povstalca Andresa Bonifacia, ktorý sa zúčastnil tohto jediného pôvodného stretnutia v La Lige a skupinu obnovil po Rizalovom zatknutí. Bonifacio a dvaja spolupracovníci sa v lete roku 1896 pokúsili zachrániť Rizala aj zo španielskej lode v prístave Manila. V decembri bol však 35-ročný Rizal súdený na falošnom vojenskom súde a popravený španielskou palebnou skupinou.
Andres Bonifacio z chudobnej rodiny nižšej strednej triedy v Manile sa pripojil k Jose Rizalovi mierová skupina La Liga, ale tiež verila, že Španieli musia vyhnať z Filipín silou. Založil katipunanskú povstaleckú skupinu, ktorá vyhlásila nezávislosť od Španielska v roku 1896 a obkolesila Manilu partizánskymi bojovníkmi.
Bonifacio bol nápomocný pri organizovaní a podnecovaní opozície voči španielskej vláde. Vyhlásil sa za prezidenta novo nezávislých Filipín, hoci jeho požiadavka nebola uznaná inou krajinou. V skutočnosti dokonca aj iní filipínski povstalci napadli právo Bonifacia na predsedníctvo, pretože mladý vodca nemal vysokoškolské vzdelanie.
Len rok po tom, čo hnutie Katipunan začalo vzpouru, bol Andres Bonifacio popravený vo veku 34 rokov spolubojovníkom Emiliom Aguinaldom.
Rodina Emilia Aguinalda bola pomerne bohatá a mala politickú moc v meste Cavite na úzkom polostrove, ktorý vyčnieval do zálivu Manila. Pomerne privilegovaná situácia Aguinalda mu umožnila získať dobré vzdelanie, tak ako to urobil Jose Rizal.
Aguinaldo sa pripojil k hnutiu Katipunan v Andresu Bonifacio v roku 1894 a keď vypukla otvorená vojna v roku 1896, stal sa generálom oblasti Cavite. Mal lepší vojenský úspech ako Bonifacio a kvôli nedostatku vzdelania sa pozrel na seba menovaného prezidenta.
Toto napätie vyvrcholilo, keď Aguinaldo zmobilizoval voľby a vyhlásil sa za prezidenta namiesto Bonifacia. Do konca toho istého roku by Aguinaldo nechal Bonifacio popraviť po fingovanom súde.
Aguinaldo odišiel do vyhnanstva koncom roku 1897 po odovzdaní sa španielčine, ale bol privedený späť na Filipíny americkými silami v roku 1898 sa zapojili do boja, ktorý vyhnal Španielsko po takmer štyroch storočiach. Aguinaldo bol uznaný ako prvý prezident nezávislej Filipínskej republiky, ale bol keď sa vypukla filipínsko-americká vojna, prinútil sa znova do hôr ako vodca povstalcov 1901.