V niektorých regiónoch, ako napríklad v južnej Indii, sa hinduistické kráľovstvá držali a dokonca tlačili proti moslimskému prílivu. Subkontinent tiež čelil invázii známych stredoázijských dobyvateľov Džingischán, ktorý nebol moslim, a Timur alebo Tamerlane, ktorý bol.
Toto obdobie bolo predchodcom éry Mughal (1526 - 1857). Mughalská ríša založil Babur, moslimský princ pôvodom z Uzbekistanu. Najmä v neskorších Mughals Akbar the Greatmoslimskí cisári a ich hinduistickí poddaní dosiahli bezprecedentné porozumenie a vytvorili krásny a prekvitajúci multikultúrny, mnohonárodný a nábožensky rozmanitý štát.
V roku 1206 bývalý Mamluk otrok menom Qutbubuddin Aibak dobyl severnú Indiu a založil kráľovstvo. Nazval sa sultánom Dillí. Aibak bol stredoázijským turkickým rečníkom, rovnako ako zakladatelia troch ďalších štyroch sultanátov Dillí. Až do roku 1526, kedy vládlo veľa severnej Indie, celkom päť dynastií moslimských sultánov Babur zametol z Afganistanu a založil dynastiu Mughal.
V roku 1221 opustil sultán Jalal ad-Din Mingburnu svoje hlavné mesto v Uzbekistane v Samarkande. Jeho Khwarezmidská ríša padla k postupujúcim armádam Čingischána a jeho otec bol zabitý, takže nový sultán utiekol na juh a na východ do Indie. Na rieke Indus v dnešnom Pakistane Mongoli chytili Mingburnu a jeho 50 000 zostávajúcich vojakov. Mongolská armáda bola síce silná iba 30 000, ale Peršanov pritlačila k brehu rieky a zdecimovala ich. Bolo by ľahké ľutovať sultána, ale jeho otec rozhodnutie zavraždiť mongolských vyslancov bolo okamžitou iskrou, ktorá
vyrazil mongolské dobytie na prvom mieste v Strednej Ázii a ďalej.Dynastia Chola v južnej Indii mala jeden z najdlhších cyklov akejkoľvek dynastie v dejinách ľudstva. Bola založená nejaký čas v 300s BCE, to trvalo až do roku 1250 CE. Neexistuje žiadny záznam o jednej rozhodujúcej bitke; skôr susedná Pandyanská ríša jednoducho rástla v sile a vplyve do tej miery, že zatienila a postupne zanikla starodávna cholská polícia. Tieto hinduistické kráľovstvá boli dosť ďaleko na juh, aby unikli vplyvu moslimských dobyvateľov zostupujúcich zo strednej Ázie.
V roku 1290 padla dynastia Mamluk v Dillí a na jej miesto vznikla dynastia Khilji, ktorá sa stala druhou z piatich rodín, ktorá vládla sultanátu v Dillí. Chiljiho dynastia by zostala na moci až do roku 1320.
Počas ich krátkej, tridsaťročnej vlády dynastie Khilji úspešne odrazila niekoľko vpádov z mongolskej ríše. Poslednou rozhodujúcou bitkou, ktorá skončila pokusmi Mongolu o Indiu, bola bitka o Jalandhar v roku 2007 1298, pri ktorom Khiljská armáda zabila asi 20 000 Mongolov a vyhnaných prežila z Indie dobrý.
V roku 1320 sa nová rodina zmiešanej turkickej a indickej krvi chopila kontroly nad sultanátom Dillí a začala obdobie dynastie Tughlaq. Dynastia Tughlaq, založená Ghazim Malikom, sa rozšírila na juh cez plošinu Deccan a prvýkrát si podmanila väčšinu južnej Indie. Tieto územné zisky však netrvali dlho. V roku 1335 sa sultanát Dillí zmenšil späť do svojej zvyčajnej oblasti v severnej Indii.
Zaujímavé je, že slávny marocký cestovateľ Ibn Battuta slúžil ako kadí alebo islamský sudca na súde Ghazi Malika, ktorý prevzal trónne meno Ghyasuddina Tughlaqa. Na nového indického vládcu na neho nepôsobil priaznivo, keď odsudzoval rôzne mučenia, ktoré boli proti nemu použité ľudia, ktorí nezaplatili dane, vrátane toho, že si nechali vytrhnúť oči alebo roztopili olovo krku. Ibn Battuta bol obzvlášť zdesený, že tieto hrôzy boli spáchané tak proti moslimom, ako aj neveriacim.
Keď sa Tughlaqova moc v južnej Indii rýchlo zmenšovala, vrhla sa nová hinduistická ríša, aby naplnila vákuum moci. Vijayanagárska ríša bude vládnuť viac ako tristo rokov od Karnataka. Do južnej Indie priniesla bezprecedentnú jednotu založenú najmä na hinduistickej solidarite tvárou v tvár vnímanej moslimskej hrozbe na severe.
Hoci Vijayanagara dokázala zjednotiť veľkú časť južnej Indie, čoskoro stratila úrodnú plošinu Deccan, ktorá sa tiahne cez pás subkontinentu po nový moslimský sultanát. Bahmanský sultanát bol založený turkickým povstalcom proti Tughlakom nazývaným Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Odvrátil Deccan od Vijayanagary a jeho sultanát zostal silný viac ako storočie. V osemdesiatych rokoch však sultanát Bahmani prudko poklesol. Do roku 1512 sa odtrhlo päť menších sultanátov. O pätnásť rokov neskôr bol centrálny Bahmanský štát preč. V nespočetných bitkách a bojoch sa malým nástupníckym štátom podarilo zabrániť úplnej porážke Vijayanagarskej ríše. V roku 1686 však bol nemilosrdným cisárom Aurengzeb z Mughals dobyli posledné zvyšky bahmanského sultanátu.
Madurai Sultanate, tiež známy ako Ma'bar Sultanate, bol ďalší turkicsky vládnutý región, ktorý sa vymanil z delhi sultanátu. Sultanát Madurai, ktorý sa nachádza ďaleko na juhu v Tamil Nadu, trval iba 48 rokov, kým ho dobylo kráľovstvo Vijayanagara.
Štrnáste storočie západného kalendára skončilo krvou a chaosom pre dynastiu Tughlaqov z Dillí Sultanátu. Krvožíznivý dobyvateľ Timur, tiež známy ako Tamerlane, napadol severnú Indiu a začal postupne dobíjať mestá Tughlaqovcov. Občania v postihnutých mestách boli zmasakrovaní a ich oddelené hlavy boli nahromadené do pyramíd. V decembri 1398 Timur vzal Dillí, vyplienil mesto a zabil jeho obyvateľov. Tughlakovia sa držali pri moci až do roku 1414, ale ich hlavné mesto sa zotavilo z teroru Timuru dlhšie ako jedno storočie.